Een algemene term die de reeks processen beschrijft waarbij habitatverlies resulteert in de verdeling van aaneengesloten habitats in een groter aantal kleinere stukken van geringere totale omvang, die geïsoleerd zijn van elkaar door een matrix van ongelijksoortige habitats. Habitatfragmentatie kan optreden door natuurlijke processen (bijv. bos- en grasbranden, overstromingen) en door menselijke activiteiten (bosbouw, landbouw, verstedelijking).